La Cofradía Penitencial del "Cristo de la Noche Oscura" fue fundada el 20 de marzo de 1966 por un grupo de 139 Antiguos Alumnos Salesianos de Úbeda junto a otro considerable número de ubetenses. Algunos, de entre ellos, corrieron con los gastos que supuso la adquisición de la imagen, obra del ya fallecido Don Francisco Palma Burgos.
El silencio, la oración y la devoción al Vía Crucis, junto al espíritu carmelitano que inspira la figura y la obra de San Juan de la Cruz, muerto en Úbeda y copatrono de la ciudad, es la motivación fundamental que anima a los iniciadores de esta Hermandad.
Su primera Estación de Penitencia se realizó el día 5 de Abril del mismo año, saliendo desde la Iglesia de San Miguel (PP. Carmelitas).
En los primeros años de existencia de la Cofradía, el titular, "Cristo de la Noche Oscura", estuvo expuesto a la veneración pública en la parroquia de S. Isidoro, en una capilla del lateral norte, hasta la terminación de las obras de la Iglesia de "María Auxiliadora", junto al Colegio Salesiano de "Santo. Domingo Savio".
Desde la bendición del mencionado templo, la imagen del "Cristo de la Noche Oscura" ocupa el centro mismo del ábside, confluencia de todas las miradas.
La imagen del "Cristo de la Noche Oscura" ha sufrido dos restauraciones. Una en 1994 y otra en el 2001, lo que ha supuesto un gran esfuerzo económico para la Cofradía y los Cofrades ya que, desde su origen, esta Cofradía no cobra cuotas de ningún tipo, limitándose sus recursos, prácticamente, a la aportación que realizan los hermanos en la colecta de la Eucaristía del Martes Santo, previa a la Estación de Penitencia.
Las restauraciones de las "andas" a lo largo de la historia de la Cofradía, han sido mínimas, destinadas, fundamentalmente, a su conservación. Los escasos añadidos o reformas no han afectado a la austeridad y recogimiento interior con que la Cofradía realiza la Estación de Penitencia ("Vía Crucis"). De igual forma, tanto enseres como patrimonio, existen sólo en razón de su utilidad: Cruz de Guía, bandera, faroles, báculos, etc. La Cofradía, excepción hecha de lo que pueda suponer una mejor escucha de las estaciones del Vía Crucis, nunca ha pretendido adoptar aquello que no responda a la sencillez y austeridad que, desde su fundación, le ha caracterizado.
Hábito de Estatutos: 
Hábito de Estatutos: Túnica de paño color marrón franciscano.
Cíngulo de color blanco franciscano. Escapulario en color blanco con la cruz potenzada en color negro.
Capuz de igual tejido y color que el hábito.
Guante negro.
Zapato y calcetín negro.
Pasos/Tronos:
Cíngulo de color blanco franciscano. Escapulario en color blanco con la cruz potenzada en color negro.
Capuz de igual tejido y color que el hábito.
Guante negro.
Zapato y calcetín negro.
Pasos/Tronos:
Esta Cofradía penitencial procesiona un solo paso, el de Cristo Crucificado, muerto, obra del escultor malagueño, afincado en Úbeda, donde fue sepultado a su muerte, D. Francisco Palma Burgos.
La imagen, en cuya realización se inspiró el autor en el dibujo de Cristo Crucificado realizado por S. Juan de la Cruz, es portada en un trono de andas por los Cofrades que se van sucediendo en esta tarea, hasta completar el total de hermanos, a lo largo de la Estación de Penitencia, distribuidos por "escuadras". Durante la Estación de Penitencia, en silencio riguroso, se realizan las estaciones del Vía Crucis.
Las andas son sencillas, sin adornos ni orfebrería de ningún tipo.
El recorrido que cubre la Estación de Penitencia es distinto cada año.
